El conocimiento de la diversidad de los eucariotas a nivel de genomas es, a día de hoy, extremadamente pobre y sesgado. Esta es la conclusión de un trabajo de opinión en el que han participado investigadores del Instituto de Ciencia Evolutiva (centro mixto CSIC- UPF ) y del Instituto de Ciencias del Mar (CSIC) .
Tal como explican los investigadores, una cuarta parte de los linajes (grupos) de eucariotas ni siquiera tienen una única especie en cultivo. Lo que es peor, más de la mitad (51%) de los grupos de eucariotas no tienen, por ahora, ninguna especie con el genoma secuenciado. Y algunos grupos sólo tienen 1 o 2 especies secuenciadas.
"Esto quiere decir que nos falta información genética de la mitad de los linajes de eucariotas, lo que empobrece nuestro conocimiento de su diversidad e, incluso, nos hace dudar si sabemos qué representa ser un eucariota ", explica Iñaki Ruiz-Trillo, del Instituto de Biología Evolutiva (IBE), centro mixto del CSIC y la Universidad Pompeu Fabra.
Los eucariotas son todos los organismos que tienen células con núcleo e incluyen, de hecho, casi todos los seres vivos conocidos: animales, plantas, hongos y protistas (como las algas).
En el artículo, los científicos muestran que la razón principal de este desconocimiento es "un sesgo marcado por nuestros intereses, de la ciencia y de los científicos, los cuales hasta ahora han trabajado sobre todo con especies cercanas como los animales, o especies que nos pueden ser útiles (como plantas, algas u hongos) o que resultan peligrosas, como los parásitos".
En consecuencia, dice Iñaki Ruiz-Trillo, el conocimiento está sesgado hacia estas especies. Además, hay un problema técnico, ya que muchas especies son muy difíciles de aislar y cultivar, especialmente las especies que comen bacterias (denominadas fagotròficas).
Los científicos apuntan que esta tendencia debería cambiar. Y hacen varias propuestas: secuenciar los linajes de los que existe al menos un cultivo y de los que no se ha obtenido ningún genoma; y dedicar más esfuerzos a intentar aislar nuevos organismos del entorno. Por último, para tener genomas de aquellos organismos que no puedan aislarse, los investigadores proponen utilizar la técnica denominada "single-cell genomics", que permite descifrar el genoma completo de un organismo a partir de una única célula.
Javier del Campo, Michael E. Sieracki, Robert, Molestina, Patrick Keeling, Ramon Massana, Iñaki Ruiz-Trillo. The others: our biased perspective of eukaryotic genomes Trends
in Ecology & Evolution. http://www.cell.com/trends/ecology-evolution/abstract/S0169-5347(14)00064-0