Els dos nous portals han estat desenvolupats pel Grup de Recerca EtnoBioFic, integrat per experts del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia de la UB (unitat associada al CSIC), l’Institut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) i la Universitat de París Sud (França).
Conèixer la informació citogenètica sobre els vegetals és bàsic per classificar les espècies i per impulsar nous estudis en agricultura i millora dels conreus. Aquest és l’objectiu de dues plataformes en línia obertes a tota la comunitat científica que compilen informació cromosòmica i de la mida del genoma de diferents plantes. Els portals han estat desenvolupats pel Grup de Recerca EtnoBioFic, integrat per experts del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia de la UB (unitat associada al CSIC), l’Institut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) i la Universitat de París Sud (França).
Plant rDNA Database és la primera base de dades que recull informació sobre la localització dels gens que codifiquen per al DNA ribosòmic (rDNA) de les plantes. D’altra banda, el web Genome Size in Asteraceae Database (GSAD) recopila informació sobre la mida del genoma d’una de les famílies de plantes angiospermes més grans i econòmicament més importants: les asteràciescompostes (Asteraceae).
Gens que codifiquen per al DNA ribosòmic
El nombre, la posició i l’organització dels gens del DNA ribosòmic (5S i 18S-5.8S-26S) en els cromosomes es consideren característiques d’una determinada espècie, gènere o grup de plantes. Aquesta informació és de gran valor, doncs, per a la recerca bàsica, l’estudi del genotip, la biologia evolutiva i els programes de millora de plantes i cultius. «Consultant aquesta plataforma web, els investigadors poden saber quins resultats s’han publicat sobre els grups d’estudi en qualsevol àmbit taxonòmic i accedir a un fons en el qual es pot analitzar i comparar les dades», explica Sònia Garcia, investigadora del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia i membre del Grup de Recerca EtnoBioFic.
La base de dades sobre el DNA ribosòmic s’ha obtingut a partir de més de 600 publicacions científiques sobre citogenètica molecular de plantes. «Més del 50 % de les publicacions llistades són dels últims deu anys, una tendència que demostra l’interès creixent per aquesta informació i la necessitat de compilar-la», afirma Sònia Garcia. «Fins ara —continua la investigadora— aquestes dades eren molt difícils de trobar, i estaven disperses en una gran varietat de publicacions». La base de dades conté informació sobre la localització dels gens de DNA ribosòmic d’angiospermes, gimnospermes, briòfits i pteridòfits.
Primera base de dades sobre la mida del genoma d’una família de plantes
El portal GSAD conté dades sobre la mida del genoma d’aproximadament 1.200 espècies d’Asteraceae, una de les grans famílies d’angiospermes, recopilades a partir de 133 publicacions científiques. La família Asteraceae es distribueix per tot el món, amb l’excepció de l’Antàrtida, i comprèn prop de 25.000 espècies, entre les quals n’hi ha que són econòmicament importants, com ara el gira-sol, l’enciam, la carxofa o el crisantem. Es tracta de la primera base de dades que recull aquesta mena d’informació centrada en una sola família de plantes.
El coneixement de la mida del genoma o la quantitat total del DNA del nucli cel•lular s’utilitza en estudis comparatius de genètica evolutiva en éssers vius o com una eina per avaluar el cost dels programes de seqüenciació. «La GSAD informa directament els investigadors —sense que calgui buscar entre les nombroses dades repartides en la bibliografia científica— sobre tot allò que es coneix de la grandària del genoma en aquesta família», remarca Garcia. «Així, s’eviten duplicitats d’esforços i es poden detectar els buits en el coneixement o els temes que puguin atreure més interès en l’estudi del genoma de les Asteraceae», conclou.
Aquestes dues eines posades a l’abast de la comunitat científica internacional sorgeixen de la recerca del Grup EtnoBioFic, dirigit pel catedràtic Joan Vallès, del Departament de Productes Naturals, Biologia Vegetal i Edafologia de la UB i el Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia, i per la investigadora Teresa Garnatje, de l’Institut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB).
El grup està interessat fonamentalment a comprendre la història evolutiva de diferents grups de plantes, així com l’evolució del seu genoma i els processos implicats. A més d’aquesta aproximació citogenètica, l’equip també duu a terme treballs de filogènia i filogeografia. Completen les seves línies de recerca l’estudi de la història de la botànica i les investigacions etnobotàniques, és a dir, recerques sobre les relacions entre persones i plantes i el saber popular sobre el món vegetal —en concret, als territoris de llengua catalana—, sobretot amb estudis etnoflorístics i fent una atenció especial als usos medicinals i alimentaris de les plantes.
Plant rDNA Database: http://www.plantrdnadatabase.com/
Genome Size in Asteraceae Database (GSAD): http://www.asteraceaegenomesize.com